Utworzenie i prowadzenie ogrodu botanicznego wymaga uzyskania zezwolenia, które wydawane jest przez Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska po zasięgnięciu opinii regionalnego dyrektora ochrony środowiska właściwego ze względu na miejsce położenia ogrodu oraz opinii organizacji zrzeszającej przedstawicieli ogrodów botanicznych. Organizacją zrzeszającą w Polsce przedstawicieli ogrodów botanicznych jest Rada Ogrodów Botanicznych i Arboretów w Polsce.
Na podstawie art. 67 ust. 3 i 4 ustawy o ochronie przyrody, wniosek o wydanie zezwolenia powinien zawierać:
do wniosku należy dołaczyć:
Na ogrody, które uzyskały przedmiotowe zezwolenie, na mocy art. 69 ust. 1 ustawy o ochronie przyrody, nałożone zostały obowiązki do których należą:
Na podstawie art. 77 ustawy o ochronie przyrody, kontroli ogrodów botanicznych w zakresie ich działalności dokonuje regionalny dyrektor ochrony środowiska właściwy ze względu na miejsce położenia placówki, nie rzadziej niż raz na trzy lata, z inicjatywy własnej lub na wniosek Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska.
Zezwolenie na utworzenie i prowadzenie ogrodu botanicznegoo może zostać cofnięte lub zmienione przez Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w przypadku, gdy podmiot, który je uzyskał:
Ustawa zawiera również przepisy karne odnoszące się do ogrodów botanicznych (art. 131 pkt 2, 3 oraz 5 ustawy o ochronie przyrody).